旷工三天自动离职，公司不发工资的法律依据主要为《中华人民共和国劳动合同法》。根据该法第三十条，用人单位需按约定及时足额支付劳动报酬，即便员工旷工，也应支付其实际工作期间的工资。若公司以“旷工三天自动离职”拒发工资，必须提供合法有效的规章制度（经民主程序制定并公示/告知员工）作为依据，否则拒发工资属于违法拖欠，员工可申请劳动仲裁或向劳动监察部门投诉。综上，只要员工实际提供了劳动，公司拒发工资即违法，员工有权主张支付工资。
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旷工三天自动离职，公司不发工资不合法。法律明确规定，即便员工旷工离职，用人单位也应支付其实际工作时间的工资。具体情形如下：
1. 若公司有合法制度规定旷工达一定天数视为自动离职且已告知员工，公司有权据此解除劳动关系，但仍需支付实际工作期间的工资。
2. 若公司无明确规章制度或未依法告知员工，其以旷工为由拒发工资属于违法拖欠。
3. 若员工旷工但未达公司“自动离职”标准，公司以此拒发工资属于违法解除劳动关系，员工可主张经济赔偿。
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旷工三天自动离职被拒发工资，可能面临以下法律风险：
1. **诉讼时效风险**：劳动争议仲裁时效为一年，自知道或应当知道权利被侵害之日起算。若超过时效，将丧失法律保护机会。例如，某员工2024年3月被拒发工资，2025年4月后申请仲裁可能因时效问题不被受理。
2. **证据链断裂风险**：若员工未保留工资条、考勤记录等关键证据，可能在仲裁或诉讼中无法证明实际工作时间及工资拖欠事实，导致败诉。例如，某员工离职后未保存银行工资流水，公司否认其在职应发工资，仲裁委最终未支持其请求。
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处理旷工三天被拒发工资问题时，以下特殊情况可能影响结果：
1. **公司规章制度合法性**：若公司规定旷工三天视为自动离职，但该制度未经民主程序制定、未公示或未告知员工，则制度无效，公司据此拒发工资可能构成违法拖欠。
2. **员工旷工事实的正当性**：若员工虽未上班，但能提供证据证明存在正当理由（如突发疾病、不可抗力等），则不构成旷工，公司拒发工资缺乏依据。
3. **其他劳动争议的影响**：若员工在职期间存在未完成交接、经济赔偿等争议，公司可能以此为由拒发工资，但工资应独立支付，不得与其他争议捆绑处理。

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